V rámci stavby kulturního domu byla větší část původní zahrady z areálu vyčleněna a určena pro výstavbu. Tím byl nenávratně změněn celkový charakter zahrady a došlo i k narušení pohledových pozic celého klášterního areálu z jihu od řeky Ploučnice.
První projektovou dokumentaci pro rekonstrukci zachované části zahrady vypracovala projektová organizace Stavoprojekt Liberec v roce 1988. Zahrada byla řešena v geometrizujícím pojetí renesančně-francouzských zahrad v čistých liniích zelených ploch, pěších komunikací a amfiteátru. Zelené plochy jsou zdobeny stříhanými živými obrubami, sledujícími pochozí plochy. Stříhaný živý plot se zelenými nikami, v nichž jsou umístěny plastiky, kryje ohraničující zdi. Převislá a pnoucí zeleň doplňuje architekturu prostor.
V návaznosti na zahradu byla obnovena i dvě atria v areálu budov kláštera a průjezd mezi hlavní budovou a ambitem. Obě atria jsou řešena geometricky s převahou dlažby a pochozích ploch. Průjezd je dlážděn zcela.
Vlastní zahrada má výměru 5 956 metrů čtverečných. Její centrální část tvoří zahradní divadlo (amfiteátr), které navazuje na stavbu kulturního domu. Prostor mezi divadlem a klášterními budovami měly vyplnit kaskádovité vodní plochy. V roce 1992 byla dokončena a zpřístupněna západní část zahrady. Rekonstrukci financoval stát prostřednictvím bývalého Okresního úřadu v České Lípě. Po zkolaudování Loretánské uličky, klášterní restaurace a západní části zahrady byla rekonstrukce přerušena.
Celý areál kláštera byl v roce 1991 na základě zákona navrácen Řádu sv. Augustina. V témže roce stát přestal uvolňovat investiční prostředky na další rekonstrukci a došlo k zastavení všech prací. Teprve po odkoupení celého klášterního komplexu včetně zahrady státem v roce 1995 mohly práce na budovách i zahradě pokračovat. Bohužel se již nepodařilo zajistit dostatek státních finančních prostředků na dokončení celého areálu.
Ve druhé etapě byl v r. 1995 dokončen a zprovozněn pouze divadelní amfiteátr v centrální části zahrady. Vybudování této ojedinělé divadelní scény bylo financováno pouze z rozpočtu a fondů Vlastivědného muzea a galerie. V tomto roce, po zvážení všech souvislostí, finančních možností muzea a především na základě velké finanční náročnosti původního projektu, byla rekonstrukce zbývající východní části zahrady přepracována. Zde plánované vodní plochy představovaly pro muzeum velké investice a také jejich údržba by výrazně zatížila rozpočty muzea do budoucna.
Přepracovaný projekt snížil náklady na rekonstrukci zahrady takřka o dvě třetiny a přitom zachovával základní pojetí renesančně-francouzských zahrad. Přesto musela být rekonstrukce zahrady v roce 1996 zastavena z důvodu nedostatku finančních prostředků a nepřidělení investic. Do roku 2002 se nepodařilo zajistit finanční prostředky pro znovuzahájení a dokončení rekonstrukce zahrady. Během posledních let proto probíhaly pouze zajišťovací, udržovací a úklidové práce, které prováděli zaměstnanci muzea nebo byly plně hrazeny z omezených finančních prostředků rozpočtu muzea.
Přes veškeré problémy, které rekonstrukci Klášterní zahrady provázejí, slouží západní zkolaudovaná část včetně amfiteátru veřejnosti a řadě kulturních akcí. Každoročně se zde pořádají kulturní a společenské akce, jako je například divadelní pouť, vystoupení hudebních a divadelních skupin, podnikové a prezentační akce. Význam zahrady byl ještě více umocněn po instalaci lapidária ze sbírek pískovcových plastik muzea.
V roce 2003 se stal zřizovatelem Vlastivědného muzea a galerie v České Lípě Liberecký kraj a celý klášterní areál včetně zahrady přešel do majetku kraje. Stav zahrady však neumožňoval její plnohodnotné využívání a také ohrožení návštěvníků nedokončenou částí zahrady se zvyšovalo. V roce 2003 byl zjištěn posun nezajištěné opěrné východní zdi zahrady a její stav začal vážně ohrožovat vlastní budovu kláštera i sousedící pozemky. Požádali jsme proto o pomoc Liberecký kraj a Město Česká Lípa.
Na jednání, kterého se za město Česká Lípa zúčastnil starosta Petr Skokan, místostarostka Hana Moudrá a za Liberecký kraj Ing. Jaroslav Zámečník CSc., člen rady kraje, došlo k nabídce města poskytnout jeden milion korun. Liberecký kraj uvolnil částku ve výši 1 420 000,-Kč a Vlastivědné muzeum a galerie částku 80 000,-Kč ze svého rozpočtu. Navrhnuté částky byly projednány a schváleny v radách a zastupitelstvech obou samospráv a v závěru roku 2003 byla podepsána smlouva o sdružení finančních prostředků.
Počátkem roku 2004 bylo vyhlášeno výběrové řízení na Realizaci investičního záměru dokončení rekonstrukce Klášterní zahrady Vlastivědného muzea a galerie v České Lípě. Vítězem se stala firma CL-INVEST CZ, spol. s r.o.z České Lípy. Stavba byla zahájena 1.6.2004 a bude probíhat v několika etapách dle finančního zajištění. V letošním roce 2004 bude dokončena opěrná zeď a terénní úpravy vlastní plochy zahrady. V dalších etapách dojde k výstavbě doplňkového objektu zahrady a restaurace a k dokončení zahradnických prací.
Věříme, že dokončení rekonstrukce východní části Klášterní zahrady zvládneme v co nejkratším čase a za možné minimální náklady.